MSD Hepatic Vessel
MSD Hepatic Vessel 数据集是 MSD (Medical Segmentation Decathlon, 医学图像分割十项全能挑战赛) 中的 Task08 即第 8 个子任务，目标是从肝脏 CT 中分割出肝脏血管和肿瘤，MSD 选择该数据集的原因是“肝血管与异质肿瘤相邻，呈管状并且相互连接的特性”。该数据集包含 443 例 3D CT 数据，分为 303 例训练集和 140 例测试集，其中测试集可以通过官网提交分割结果进行测试。该数据集是比较少见的提供肝脏血管标注的数据集，而准确地描绘肝脏血管在计算机辅助的诊断、治疗以及手术规划中起着至关重要的作用。特别是在进行局部肝切除或肝脏移植手术时，确保剩余组织获得充足的血供成为手术成功的关键。值得注意的是，后续一些研究工作中(Xu et.al. MICCAI 2021)，认为该数据集图像标注质量较低，约 65.5% 的血管像素未被标记出来，8.5% 的像素被误标记成血管。
腹部可视化图片
MSD_Hepatic_Vessel_0.png
MSD_Hepatic_Vessel_1.webp
数据集元信息
| 维度 | 3D |
| 模态 | ct |
| 任务类型 | segmentation |
| 解剖结构 | liver blood vessels, liver tumors |
| 解剖区域 | abdomen |
| 类别数 | 2 |
| 数据量 | 443 |
| 文件格式 | .nii.gz |
文件结构
Task08_HepaticVessel
│
├── imagesTr
│ ├── hepaticvessel_001.nii.gz
│ └── ...
├── labelsTr
│ ├── hepaticvessel_001.nii.gz
│ └── ...
├── imagesTs
│ ├── hepaticvessel_003.nii.gz
│ └── ...
└── dataset.json图像尺寸统计
| 统计类型 | 间距 (mm) | 尺寸 |
|---|---|---|
| 最小值 | (0.57, 0.57, 0.80) |
(512, 512, 24) |
| 中位值 | (0.80, 0.80, 5.0) |
(512, 512, 49) |
| 最大值 | (0.97, 0.97, 8.0) |
(512, 512, 181) |
引用
@article{antonelli2022medical,
title={The Medical Segmentation Decathlon},
author={Antonelli, Michela and Reinke, Annika and Bakas, Spyridon and others},
journal={Nature Communications},
year={2022},
doi={10.1038/s41467-022-30695-9}
}
@misc{simpson2019large,
title={A large annotated medical image dataset for the development and evaluation of segmentation algorithms},
author={Amber L. Simpson and Michela Antonelli and Spyridon Bakas and Michel Bilello and Keyvan Farahani and Bram van Ginneken and Annette Kopp-Schneider and Bennett A. Landman and Geert Litjens and Bjoern Menze and Olaf Ronneberger and Ronald M. Summers and Patrick Bilic and Patrick F. Christ and Richard K. G. Do and Marc Gollub and Jennifer Golia-Pernicka and Stephan H. Heckers and William R. Jarnagin and Maureen K. McHugo and Sandy Napel and Eugene Vorontsov and Lena Maier-Hein and M. Jorge Cardoso},
year={2019},
eprint={1902.09063},
archivePrefix={arXiv},
primaryClass={cs.CV}
}