MSD Brain
MSD Brain 数据集是Medical Segmentation Decathlon（MSD）的Task01，专注于从多参数磁共振图像中分割三个肿瘤亚区域，具体包括水肿区、增强区和非增强区。使用的序列包括原生T1加权（T1）、钆（Gd）增强T1加权（T1-Gd）、原生T2加权（T2）以及T2液体衰减反转恢复（FLAIR）。MSD选择该数据集的原因是"定位这些复杂且异质性分布目标"的挑战性。该数据集包含被诊断为胶质母细胞瘤或低级别胶质瘤患者的MR图像，官方划分为484例训练病例和266例测试病例。测试病例可通过官网提交分割结果进行评估。该数据集包含与2016和2017年脑肿瘤分割挑战赛（BraTS）完全相同的病例，但修改了文件名以防止参赛者在两个挑战赛之间进行病例映射。
toujingbu可视化图片
可视化图片 1
可视化图片 2
数据集元信息
| 维度 | 3D |
| 模态 | multimodal |
| 任务类型 | segmentation |
| 解剖结构 | 胶质瘤 |
| 解剖区域 | 头部 |
| 类别数 | 3 |
| 数据量 | 训练484例，验证266例 |
| 文件格式 | .nii.gz |
文件结构
Task01_BrainTumour
│
├── imagesTr
│ ├── BRATS_001.nii.gz
│ └── ...
├── labelsTr
│ ├── BRATS_001.nii.gz
│ └── ...
├── imagesTs
│ ├── BRATS_485.nii.gz
│ └── ...
└── dataset.json图像尺寸统计
| 统计类型 | 间距 (mm) | 尺寸 |
|---|---|---|
| 最小值 | (1.0, 1.0, 1.0) |
(240, 240, 155) |
| 中位值 | (1.0, 1.0, 1.0) |
(240, 240, 155) |
| 最大值 | (1.0, 1.0, 1.0) |
(240, 240, 155) |
引用
@article{antonelli2022medical,
title={The Medical Segmentation Decathlon},
author={Antonelli, Michela and Reinke, Annika and Bakas, Spyridon and others},
journal={Nature Communications},
year={2022},
doi={10.1038/s41467-022-30695-9}
}
@misc{simpson2019large,
title={A large annotated medical image dataset for the development and evaluation of segmentation algorithms},
author={Amber L. Simpson and Michela Antonelli and Spyridon Bakas and Michel Bilello and Keyvan Farahani and Bram van Ginneken and Annette Kopp-Schneider and Bennett A. Landman and Geert Litjens and Bjoern Menze and Olaf Ronneberger and Ronald M. Summers and Patrick Bilic and Patrick F. Christ and Richard K. G. Do and Marc Gollub and Jennifer Golia-Pernicka and Stephan H. Heckers and William R. Jarnagin and Maureen K. McHugo and Sandy Napel and Eugene Vorontsov and Lena Maier-Hein and M. Jorge Cardoso},
year={2019},
eprint={1902.09063},
archivePrefix={arXiv},
primaryClass={cs.CV}
}