MSD Hippocampus
MSD Hippocampus数据集是Medical Segmentation Decathlon（医学分割十项全能，简称MSD）中的Task04，即第四个子任务，旨在从单模态MR图像中分割海马体区域。MSD选择该数据集的原因是"两个相邻小结构的高精度分割"这一挑战性。该数据集包含394例患者的MR图像，官方划分为263例训练集和131例测试集，其中测试集可通过官网提交分割结果进行评估。值得注意的是，实际下载的训练集包含260例，测试集包含130例。
toujingbu可视化图片
可视化图片 1
可视化图片 2
数据集元信息
| 维度 | 3D |
| 模态 | mri |
| 任务类型 | segmentation |
| 解剖结构 | 海马体 |
| 解剖区域 | 头部 |
| 类别数 | 1 |
| 数据量 | 394 |
| 文件格式 | .nii.gz |
文件结构
Task04_Hippocampus
│
├── imagesTr
│ ├── hippocampus_001.nii.gz
│ └── ...
├── labelsTr
│ ├── hippocampus_001.nii.gz
│ └── ...
├── imagesTs
│ ├── hippocampus_002.nii.gz
│ └── ...
└── dataset.json图像尺寸统计
| 统计类型 | 间距 (mm) | 尺寸 |
|---|---|---|
| 最小值 | (1.0, 1.0, 1.0) |
(31, 40, 24) |
| 中位值 | (1.0, 1.0, 1.0) |
(35, 50, 36) |
| 最大值 | (1.0, 1.0, 1.0) |
(43, 59, 47) |
引用
@article{antonelli2022medical,
title={The Medical Segmentation Decathlon},
author={Antonelli, Michela and Reinke, Annika and Bakas, Spyridon and others},
journal={Nature Communications},
year={2022},
doi={10.1038/s41467-022-30695-9}
}
@misc{simpson2019large,
title={A large annotated medical image dataset for the development and evaluation of segmentation algorithms},
author={Amber L. Simpson and Michela Antonelli and Spyridon Bakas and Michel Bilello and Keyvan Farahani and Bram van Ginneken and Annette Kopp-Schneider and Bennett A. Landman and Geert Litjens and Bjoern Menze and Olaf Ronneberger and Ronald M. Summers and Patrick Bilic and Patrick F. Christ and Richard K. G. Do and Marc Gollub and Jennifer Golia-Pernicka and Stephan H. Heckers and William R. Jarnagin and Maureen K. McHugo and Sandy Napel and Eugene Vorontsov and Lena Maier-Hein and M. Jorge Cardoso},
year={2019},
eprint={1902.09063},
archivePrefix={arXiv},
primaryClass={cs.CV}
}