TotalSegmentator MRI
TotalSegmentator MRI 数据集包含 298 例磁共振（MRI）影像，提供多达 56 种不同常用解剖结构的分割标注。其中 251 例 MRI 影像来自巴塞尔大学医院影像归档与通信系统（PACS, Picture Archiving and Communication System），采集于 2011 至 2023 年间；其余 47 例来自影像数据共享平台（IDC, Imaging Data Commons）以增强多样性。该数据集源自常规临床实践中的随机抽样，代表可推广至临床应用的真实世界数据集，涵盖各类病灶、扫描设备、成像序列及不同医疗机构的影像数据。值得注意的是，虽然官方论文提及 59 个类别，但公开数据集中仅提供 56 类，存在细微差异。
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数据集元信息
| 维度 | 3D |
| 模态 | mri |
| 任务类型 | segmentation |
| 解剖结构 | 56种身体结构 |
| 解剖区域 | 全身 |
| 类别数 | 56 |
| 数据量 | 298 |
| 文件格式 | .nii.gz |
文件结构
TotalsegmentatorMRI_dataset_v100/
├── s0001/
│ ├── mri.nii.gz
│ └── segmentations/
│ ├── adrenal_gland_left.nii.gz
│ ├── adrenal_gland_right.nii.gz
│ ├── aorta.nii.gz
│ ├── autochthon_left.nii.gz
│ ├── autochthon_right.nii.gz
│ └── ... # 省略其他类别
├── s0002/
├── s0003/
├── ...
├── s0298/
└── meta.csv图像尺寸统计
| 统计类型 | 间距 (mm) | 尺寸 |
|---|---|---|
| 最小值 | (0.20, 0.20, 0.20) |
(11,12,5) |
| 中位值 | (1.03, 1.18, 3.0) |
(320, 260, 80) |
| 最大值 | (6.5, 10.6, 28) |
(1092, 896, 1138) |
引用
@misc{dantonoli2024totalsegmentator,
title={TotalSegmentator MRI: Sequence-Independent Segmentation of 59 Anatomical Structures in MR images},
author={Tugba Akinci D'Antonoli and Lucas K. Berger and Ashraya K. Indrakanti and Nathan Vishwanathan and Jakob Weiß and Matthias Jung and Zeynep Berkarda and Alexander Rau and Marco Reisert and Thomas Küstner and Alexandra Walter and Elmar M. Merkle and Martin Segeroth and Joshy Cyriac and Shan Yang and Jakob Wasserthal},
year={2024},
eprint={2405.19492},
archivePrefix={arXiv},
primaryClass={eess.IV}
}