ATLAS v2.0
ATLAS v2.0（Anatomical Tracings of Lesions After Stroke，卒中后病灶解剖追踪）是一个基于MR T1加权（T1W）单模态图像的脑卒中病灶分割数据集，属于MICCAI ISLES 2022挑战赛组成部分。T1W MRI具有优异的空间分辨率，是其他模态图像配准的基础，因此在卒中康复研究中被广泛采用。虽然T2加权或FLAIR成像等模态能更全面地识别病灶，但由于MRI扫描时间限制和研究者的特定需求，这些模态可能不会被常规采集，使得T1W MRI成为单模态研究的首选。ATLAS v2.0是对此前发布的ATLAS v1.2的扩展，共提供1271例图像数据。其中955例为公开可用图像，分为655例训练集图像和300例带有隐藏标注的测试集图像；另有316例来自新队列的未公开图像。
toujingbu可视化图片
ATLASv2_0.png
ATLASv2_1.webp
数据集元信息
| 维度 | 3D |
| 模态 | mri |
| 任务类型 | segmentation |
| 解剖结构 | 卒中病灶 |
| 解剖区域 | 头部 |
| 类别数 | 1 |
| 数据量 | 655训练集，300身份分布测试集，316泛化测试集 |
| 文件格式 | .nii.gz |
文件结构
ATLAS_2/
├── 20211112_ATLAS_2.0_SupplementaryInfo.csv
├── 20220425_ATLAS_2.0_MetaData.xlsx
├── MNI152NLin2009aSym.nii.gz
├── Training/
│ ├── R001/
│ │ ├── dataset_description.json
│ │ ├── sub-r001s001/
│ │ │ └── ses-1/
│ │ │ └── anat/
│ │ │ ├── sub-r001s001_ses-1_space-MNI152NLin2009aSym_T1w.nii.gz
│ │ │ └── sub-r001s001_ses-1_space-MNI152NLin2009aSym_label-L_desc-T1lesion_mask.nii.gz
│ │ ├── sub-r001s002/
│ │ ├── sub-r001s003/
│ │ ├── ...
│ │ └── sub-r001s039/
│ ├── R002/
│ ├── R003/
│ ├── ...
│ └── R052/
├── Testing/
│ ├── R005/
│ ├── R014/
│ ├── ...
│ └── R052/
└── ...图像尺寸统计
| 统计类型 | 间距 (mm) | 尺寸 |
|---|---|---|
| 最小值 | (1.0, 1.0, 1.0) |
(197, 233, 189) |
| 中位值 | (1.0, 1.0, 1.0) |
(197, 233, 189) |
| 最大值 | (1.0, 1.0, 1.0) |
(197, 233, 189) |
引用
@article{liew2022large,
title={A large, curated, open-source stroke neuroimaging dataset to improve lesion segmentation algorithms},
author={Liew, Sook-Lei and Lo, Bethany P and Donnelly, Miranda R and Zavaliangos-Petropulu, Artemis and Jeong, Jessica N and Barisano, Giuseppe and Hutton, Alexandre and Simon, Julia P and Juliano, Julia M and Suri, Anisha and others},
journal={Scientific data},
volume={9},
number={1},
pages={320},
year={2022},
publisher={Nature Publishing Group UK London}
}