BrainPTM
BrainPTM数据集是一个脑白质纤维束映射数据集。该数据集提供了75例计划进行脑肿瘤切除术患者的脑部MR扫描白质纤维束标注结果。病理类型包括少突胶质细胞瘤、星形细胞瘤、胶质母细胞瘤和海绵状血管瘤。每位患者均接受了T1加权成像和弥散加权成像检查。数据集分为训练集和测试集，其中训练集包含60例专家半自动标注的白质纤维束掩膜案例，测试集包含15例无标注案例。
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数据集元信息
| 维度 | 3D |
| 模态 | mri |
| 任务类型 | segmentation |
| 解剖结构 | 白质纤维束 |
| 解剖区域 | 脑部 |
| 类别数 | 1 |
| 数据量 | 75 |
| 文件格式 | .nii.gz |
文件结构
BrainPTM2021
├── sheba75_data_test
│ ├── case_61
│ │ ├── brain_mask.nii.gz
│ │ ├── Diffusion.bvals
│ │ ├── Diffusion.bvecs
│ │ ├── Diffusion.nii.gz
│ │ ├── T1.nii.gz
│ │ └── ...
│ └── ...
├── sheba75_data_train
│ └── ...
├── sheba75_streamlines_train
│ ├── case_1
│ │ ├── OR_left.trk
│ │ └── OR_right.trk
│ └── ...
├── sheba75_tracts_test_dummy
│ ├── case_61
│ │ ├── CST_left.nii.gz
│ │ ├── CST_right.nii.gz
│ │ ├── OR_left.nii.gz
│ │ └── OR_right.nii.gz
│ │ └── ...
│ └── ...
├── sheba75_tracts_train
│ ├── case_1
│ │ ├── OR_left.nii.gz
│ │ └── OR_right.nii.gz
│ └── ... 图像尺寸统计
| 统计类型 | 间距 (mm) | 尺寸 |
|---|---|---|
| 最小值 | (1.25, 1.25, 1.25) |
(128, 144, 128) |
| 中位值 | (1.25, 1.25, 1.25) |
(128, 144, 128) |
| 最大值 | (1.26, 1.30, 1.30) |
(128, 144, 128) |
引用
@article{avital2019neural,
title={Neural Segmentation of Seeding ROIs (sROIs) for Pre-Surgical Brain Tractography},
author={Avital, Itzik and Nelkenbaum, Ilya and Tsarfaty, Galia and Konen, Eli and Kiryati, Nahum and Mayer, Arnaldo},
journal={IEEE transactions on medical imaging},
volume={39},
number={5},
pages={1655--1667},
year={2019},
publisher={IEEE}
},
@inproceedings{nelkenbaum2020automatic,
title={Automatic Segmentation of White Matter Tracts Using Multiple Brain MRI Sequences},
author={Nelkenbaum, Ilya and Tsarfaty, Galia and Kiryati, Nahum and Konen, Eli and Mayer, Arnaldo},
booktitle={2020 IEEE 17th International Symposium on Biomedical Imaging (ISBI)},
pages={368--371},
year={2020},
organization={IEEE}
}