BraTS 2021
BraTS21是一个大规模多模态MR胶质瘤分割数据集，包含来自2,040名患者的8,160个MRI扫描。每位患者拥有四种模态的MR图像：T1、T1Gd、T2和T2-FLAIR，这些数据采集自多家医疗机构的不同临床协议和扫描设备。胶质母细胞瘤作为成人中枢神经系统的主要恶性肿瘤，平均生存期仅15个月。BraTS21中的标注主要包括增强肿瘤（ET，enhancing tumor）、瘤周水肿/浸润组织（ED，peritumoral edema/invasive tissue）和坏死肿瘤核心（NCR，necrotic tumor core）。所有标签和数据都经过预处理，包括对齐到统一解剖模板、重采样至相同分辨率（1 mm³）以及去颅骨处理。其中1,251例作为训练集并公开标签，219例划分为验证集，其标签不公开但可通过Synapse平台提交测试，另有570例作为测试集，数据不公开需通过docker提交测试。
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数据集元信息
| 维度 | 3D |
| 模态 | multimodal |
| 任务类型 | segmentation |
| 解剖结构 | 胶质瘤 |
| 解剖区域 | 头部 |
| 类别数 | 3 |
| 数据量 | 训练集1251例，验证集219例 |
| 文件格式 | .nii.gz |
文件结构
BraTS21
│
├── RSNA_ASNR_MICCAI_BraTS2021_TrainingData
│ ├── BraTS2021_00000
│ │ ├── BraTS2021_00000_flair.nii.gz
│ │ ├── BraTS2021_00000_t1.nii.gz
│ │ ├── BraTS2021_00000_t1ce.nii.gz
│ │ ├── BraTS2021_00000_t2.nii.gz
│ │ └── BraTS2021_00000_seg.nii.gz
│ ├── BraTS2021_00002
│ ├── ...
│
└── RSNA_ASNR_MICCAI_BraTS2021_ValidationData
├── BraTS2021_00001
│ ├── BraTS2021_00001_flair.nii.gz
│ ├── BraTS2021_00001_t1.nii.gz
│ ├── BraTS2021_00001_t1ce.nii.gz
│ └── BraTS2021_00001_t2.nii.gz
├── BraTS2021_00003
└── ...图像尺寸统计
| 统计类型 | 间距 (mm) | 尺寸 |
|---|---|---|
| 最小值 | (1.0, 1.0, 1.0) |
(240, 240, 155) |
| 中位值 | (1.0, 1.0, 1.0) |
(240, 240, 155) |
| 最大值 | (1.0, 1.0, 1.0) |
(240, 240, 155) |
引用
@misc{baid2021rsnaasnrmiccai,
title={The RSNA-ASNR-MICCAI BraTS 2021 Benchmark on Brain Tumor Segmentation and Radiogenomic Classification},
author={Ujjwal Baid and Satyam Ghodasara and Suyash Mohan and Michel Bilello and Evan Calabrese and Errol Colak and Keyvan Farahani and Jayashree Kalpathy-Cramer and Felipe C. Kitamura and Sarthak Pati and Luciano M. Prevedello and Jeffrey D. Rudie and Chiharu Sako and Russell T. Shinohara and Timothy Bergquist and Rong Chai and James Eddy and Julia Elliott and Walter Reade and Thomas Schaffter and Thomas Yu and Jiaxin Zheng and Ahmed W. Moawad and Luiz Otavio Coelho and Olivia McDonnell and Elka Miller and Fanny E. Moron and Mark C. Oswood and Robert Y. Shih and Loizos Siakallis and Yulia Bronstein and James R. Mason and Anthony F. Miller and Gagandeep Choudhary and Aanchal Agarwal and Cristina H. Besada and Jamal J. Derakhshan and Mariana C. Diogo and Daniel D. Do-Dai and Luciano Farage and John L. Go and Mohiuddin Hadi and Virginia B. Hill and Michael Iv