HEST-1k
HEST-1k是一个新型多模态数据集，包含1,108个空间转录组学（Spatial Transcriptomics，ST）样本，每个样本都配有苏木精-伊红（Hematoxylin and Eosin，H&E）染色的全切片图像（Whole Slide Image，WSI）和相关元数据。该数据集由HEST-Library从131个公开和内部队列中精心整理而成，涵盖25个器官、两个物种（人类和小鼠），并包含25种癌症亚型的320个癌症样本。经过处理，研究人员已识别出150万个表达-形态配对和6000万个细胞核，使HEST-1k成为同类数据集中最全面的之一。与早期的多模态数据集相比，HEST-1k独特地将丰富的病理图像与详细的基因表达数据整合在一起，同时利用H&E染色切片更广泛地揭示组织形态学及其与分子特征的关系。
xianweichengxiang可视化图片
HEST-1k_0.png
HEST-1k_1.png
HEST-1k_2.png
数据集元信息
| 维度 | 2D |
| 模态 | other |
| 任务类型 | other |
| 解剖结构 | 多器官 |
| 解剖区域 | 全身 |
| 类别数 | 25 |
| 数据量 | 1108 |
| 文件格式 | .json |
文件结构
.
├──cellvit_seg
├──metadata
├──patches
├──patches_vis
├──pixel_size_vits
├──spatial_plots
├──st
├──thumbnails
├──tissue_seg
├──transcripts
├──wsis
├──xenium_seg图像尺寸统计
| 统计类型 | 间距 (mm) | 尺寸 |
|---|---|---|
| 最小值 | - |
- |
| 中位值 | - |
- |
| 最大值 | - |
- |
引用
@article{jaume2024hest,
title={Hest-1k: A dataset for spatial transcriptomics and histology image analysis},
author={Jaume, Guillaume and Doucet, Paul and Song, Andrew H and Lu, Ming Y and Almagro-P{\'e}rez, Cristina and Wagner, Sophia J and Vaidya, Anurag J and Chen, Richard J and Williamson, Drew FK and Kim, Ahrong and others},
journal={arXiv preprint arXiv:2406.16192},
year={2024}
}