MitoEM2021
MitoEM Challenge: Large-scale 3D Mitochondria Instance Segmentation（MitoEM2021 ）数据集是一个组织病理学模态中分割线粒体的数据集。是Grand Challenge的一个挑战赛。数据集一共包含 2 例数据，其中 1 例为训练集 1 例为验证集。该数据集包含两组 30x30x30 微米、分辨率为 30x8x8 纳米的volume图像，分别来自大鼠（Mito-R）和人类（Mito-H）组织。其中 MitoEM-H-im-pad 数据集在 zyx 轴上都进行了 [20,512,512] 的填充。训练和验证集（MitoEM-H-train-val-v2 和 MitoEM-R-train-val-v2）包含前 500 张切片的线粒体实例标签，分为训练集（0-399）和验证集（400-499）。所有的线粒体实例在标注中均至少包含 2000 个体素。为了保证数据集的高质量，用户若发现标注错误可通过邮件联系相关人员进行纠正。
xianweichengxiang可视化图片
MitoEM_0.png
MitoEM_1.webp
数据集元信息
| 维度 | 3D |
| 模态 | pathology |
| 任务类型 | segmentation |
| 解剖结构 | Mitochondria |
| 解剖区域 | Tissue |
| 类别数 | 1 |
| 数据量 | 2 |
| 文件格式 | .nii.gz |
文件结构
.
├── EM30-H-im.zip
├── EM30-H-mito-train-val-v2.zip
├── EM30-R-im.zip
└── EM30-R-mito-train-val-v2.zip图像尺寸统计
| 统计类型 | 间距 (mm) | 尺寸 |
|---|---|---|
| 最小值 | (1.0, 1.0, 1.0) |
(4096, 4096, 400) |
| 中位值 | (1.0, 1.0, 1.0) |
(4096, 4096, 400) |
| 最大值 | (1.0, 1.0, 1.0) |
(4096, 4096, 400) |
引用
@inproceedings{wei2020mitoem,
title={MitoEM Dataset: Large-scale 3D Mitochondria Instance Segmentation from EM Images},
author={D. Wei, Z. Lin, D. Franco-Barranco, N. Wendt, X. Liu, W. Yin, X. Huang, A. Gupta,
W. Jang, X. Wang, I. Arganda-Carreras, J. Lichtman, H. Pfister},
booktitle={International Conference on Medical Image Computing and Computer Assisted Intervention},
year={2020}
}