PanNuke
PanNuke 数据集是一个半自动生成的细胞核实例分割病理数据集，全面涵盖了 19 种不同组织类型的细胞核标签。该数据集总共包含 7,904张图像和205,343 个标记的细胞核，每个细胞核都有一个实例分割掩膜，以及对应的细胞类型标签（肿瘤上皮细胞、炎症细胞、结缔组织细胞），这些图像来源于 TCGA 和 GTEx 项目。
xianweichengxiang可视化图片
PanNuke_0.png
PanNuke_1.webp
数据集元信息
| 维度 | 2D |
| 模态 | pathology |
| 任务类型 | segmentation |
| 解剖结构 | 19 structures including Kidneys, Liver, etc. |
| 解剖区域 | 全身 |
| 类别数 | 6 |
| 数据量 | 7904 |
| 文件格式 | .npy |
文件结构
Dataset
│
├── fold 1
│ ├── images
│ │ ├── fold 1
│ │ │ ├── images.npy
│ │ │ ├── types.npy
│ │ ├── GTVnd.nii.gz
│ │ ├── GTVp.nii.gz
│ └── masks
│ │ ├── fold 1
│ │ │ ├── masks.npy
│ │ ├── by-nc-sa.md
│ │ ├── README.md
│ └── README.md
├── fold2
│ ...
├── fold3
│ ...图像尺寸统计
| 统计类型 | 间距 (mm) | 尺寸 |
|---|---|---|
| 最小值 | - |
(224, 224) |
| 中位值 | - |
(224, 224) |
| 最大值 | - |
(224, 224) |
引用
@article{gamper2020pannuke,
title={Pannuke dataset extension, insights and baselines},
author={Gamper, Jevgenij and Koohbanani, Navid Alemi and Benes, Ksenija and Graham, Simon and Jahanifar, Mostafa and Khurram, Syed Ali and Azam, Ayesha and Hewitt, Katherine and Rajpoot, Nasir},
journal={arXiv preprint arXiv:2003.10778},
year={2020}
}